Dopo le problematiche eutanasiche di Mare Dentro nel 2004, Amenabar decide di occuparsi di una figura storica rimossa dai libri ufficiali, la filosofa-astronoma Ipazia d'Alessandria vissuta nel IV secolo dopo Cristo e trucidata dai cristiani sotto l'imperatore Teodosio.

Il regista cileno (spagnolo d'adozione) inquadra bene le motivazioni che portano prima all'isolamento e poi all'assassinio della scienziata, fatta passare per strega eretica. Sceglie di non ipertrofizzare le storie d'amore o di entrare nei dettagli cruenti degli scontri e decide di regalare ad Ipazia un destino di morte che si svolge prima come atto pietoso e poi prevalentemente fuori campo (al contrario della sua fine reale avvenuta per scarificazione e poi smembramento). 

Ipazia nuda è una sorta di Giovanna d'Arco ante litteram che paga sulla sua pelle il fatto di proclamarsi atea e di dichiarare il suo credo verso la scienza. Ipazia contrappone alla ignoranza, alla superstizione, alla intolleranza, alla violenza,  una visione moderna in cui la razionalità si accompagna alla verifica dei fatti, alla fiducia nelle capacità dell'uomo, alla necessità della parola e del dialogo come unico strumento di comunicazione tra popoli di diversa razza e religione. Tra politeismi e monoteismi, tra ebrei e parabolani, cristiani e pagani, il desiderio di Ipazia è di quadrare il cerchio e scoprire che in terra è possibile trovare frammenti di perfezione celeste. La passione che assorbe Ipazia nella confutazione delle teorie tolemaiche è quella di una donna che avverte una enorme distanza tra il mondo reale con le sue perpetue guerre di potere e l'armonia dei corpi celesti che sembrano ruotare in traiettorie ellittiche immaginate da una mente superiore.

Le leggi gravitazionali e i movimenti rotatori, il cerchio perfetto e il cono di Apollonio sono il rifugio di una donna che ha deciso di non innamorarsi e dedicare tutta la sua vita alla scienza.  Il rifiuto dell'amore terreno, sia quello dello schiavo Davo (che percorrerà un tortuoso percorso di caduta e redenzione) che quello di Oreste (futuro prefetto della città, che farà prevalere la ragione di Stato sul destino di un singolo individuo), è un tentativo di elevarsi al di sopra del corpo e delle sue impurità (l'esempio del sangue mestruale), una tacita ammissione di inadeguatezza in un campo in cui si può essere travolti dalla tempesta delle emozioni.

Più sicuro è calcolare le traiettorie di corpi inerti dal pennone di una nave e accorgersi che i misteri della fisica celeste sono ancora tutti da scoprire. L'intelligenza e le capacità oratorie di Ipazia  rappresentano comunque un pericolo: un popolo dominato dalla paura e dalla superstizione è più facilmente manovrabile. Guai se forniamo alle masse gli strumenti del pensiero e della speculazione filosofica: si accorgerebbero di essere morti da tempo. Così la lotta di potere politico tra il prefetto Oreste e il vescovo Cirillo si trasforma in una vendetta trasversale che colpisce l'unico elemento realmente fuori dal sistema, potenzialmente sovversivo. Ipazia deve morire perchè è una delle poche persone che pone dentro di sé la legge morale della coerenza ai suoi sistemi filosofici speculativi. Ipazia non scende a compromessi come Oreste, come Ammonio, come Cirillo, come Sinesio.

Ipazia non si converte per convenienza, né usa le sacre scritture come arma di offesa, né utilizza la cultura come isolamento tra sé e il mondo. Ipazia insegna, trasmette non solo il sapere ma soprattutto un modo di pensare, di criticare, di valutare. Proprio nella scena più intensa del film, quella della distruzione della Biblioteca d'Alessandria, mentre i papiri volano in alto disegnando traiettorie che si dividono l'azzurro del cielo, tra urla che non hanno più nulla di umano e le fiamme che divorano gli scritti, Ipazia mette a repentaglio la propria vita pur di salvare, con quei fogli, gli ultimi residui di civiltà. Amenabar stacca spesso verso l'alto, verso il punto di vista delle stelle. Da lì questi miseri uomini che corrono e combattano fra di loro sono simili a formiche impazzite, con traiettorie confuse e senza senso, E da quelle altezze i lamenti, i dolori, le inutili violenze, i soprusi, i tradimenti perdono i connotati del luogo e del tempo cui appartengono e diventano costante di una umanità che nel corso della storia non ha fatto altro che ripetere gli stessi errori. Il grido “Dio è con noi” è risuonato più volte a giustificare massacri e genocidi, falò di libri e sacre inquisizioni, guerre economiche mascherate da guerre di religione, stermini di massa e fosse comuni, lager e prigioni, liste di proscrizione e leggi razziali.

Dio invece diventa l'alibi della nostra cattiva coscienza, non più la fede nel trascendente, ma il cinico utilizzo di una legge amorale proiettandola fuori da sé. Ipazia preferisce perdersi nelle traiettorie ellittiche degli astri del cielo, cercare un senso non nella fede ma nel cielo stellato sopra la sua testa. E l'ultimo sguardo è rivolto proprio verso l'alto, verso quell'angolo di visuale apparentemente irraggiungibile ma che è nostro dovere cercare, provare, dimostrare.